R Schnittstellen

Jan-Philipp Kolb

8 Mai 2017

Präsentation von Daten - Reproducible Research

CRAN Taskview zu reproducible research

Resourcen

Word Dokumente mit R erstellen

Ein Markdown Dokument mit Rstudio erzeugen

Mein erstes mit R erzeugtes Word Dokument

Erstes Beispiel

Das Arbeiten mit Markdown

Rmarkdown - erste Schritte

Markdown ist eine sehr einfache Syntax, die es Benutzern erlaubt, aus einfachen Textdateien gut gelayoutete Dokumente zu erstellen.

**fettes Beispiel**
*kursives Beispiel*
~~durchgestrichen~~
- Aufzählungspunkt

fettes Beispiel

kursives Beispiel

durchgestrichen

Weitere Markdown Befehle

### Überschrift Ebene 3
#### Überschrift Ebene 4
[Meine Github Seite](https://github.com/Japhilko)

Überschrift Ebene 3

Überschrift Ebene 4

Meine Github Seite

Weitere Markdown Befehle

![BSP](http://e-scientifics.de/content/example_kinderbild.jpg)
![BSP 2](figure/example.png)

Chunks - Erste Schritte

Button um Chunks einzufügen

Inline Code

n=100

Ein inline Codeblock: 100

Chunk Optionen

Argument Beschreibung
eval Soll Rcode evaluiert werden?
warning Sollen Warnings angezeigt werden?
cache Soll der Output gespeichert werden?

Optionen

Optionen für Word Output

Code Hervorhebung

Das Paket knitr

install.packages("knitr")
library("knitr")

Eine Tabelle mit kable erzeugen

a <- runif(10)
b <- rnorm(10)
ab <- cbind(a,b)
kable(ab)
a b
0.5611270 0.2488563
0.0398190 0.2488782
0.0136209 0.9069456
0.6067626 -0.5155376
0.5111370 0.0925989
0.5834954 -1.3498267
0.7095552 0.9639655
0.3257896 0.0012648
0.6230756 -1.2427838
0.1862518 1.7444354

Vorlagen verwenden

  1. Ein Word Dokument mit Rmarkdown erstellen
  2. Das Dokument in Word öffnen und Format verändern
  3. Vorlage als Referenz angeben

Resourcen

PDF Dokumente und Präsentationen mit LaTeX, Beamer und Sweave

Präsentationen mit Rmarkdown - beamer Präsentationen

Beamer Optionen

Beamer Themen

Chunks einfügen

Ergebnis - Cache

Wie man das im Header des Dokuments angibt

---
title: "Intro - Erste Schritte"
author: "Jan-Philipp Kolb"
date: "10 April 2017"
output:
  beamer_presentation: 
    colortheme: beaver
    theme: CambridgeUS
---

Inhaltsverzeichnis I

Inhaltsverzeichnis II

output: 
  beamer_presentation: 
    toc: yes

Optionen für die Graphikeinbindung

Präsentationen mit Sweave

Sweave Präsentation

Chunks bei Sweave

Chunk Optionen

Inline Code

\Sexpr{}

Inline Code - das Ergebnis

PDF Paper mit R

Jabref

Referenz mit R bekommen

install.packages("RMySQL")
citation("RMySQL")
## 
## To cite package 'RMySQL' in publications use:
## 
##   Jeroen Ooms, David James, Saikat DebRoy, Hadley Wickham and
##   Jeffrey Horner (2017). RMySQL: Database Interface and 'MySQL'
##   Driver for R. R package version 0.10.11.
##   https://CRAN.R-project.org/package=RMySQL
## 
## A BibTeX entry for LaTeX users is
## 
##   @Manual{,
##     title = {RMySQL: Database Interface and 'MySQL' Driver for R},
##     author = {Jeroen Ooms and David James and Saikat DebRoy and Hadley Wickham and Jeffrey Horner},
##     year = {2017},
##     note = {R package version 0.10.11},
##     url = {https://CRAN.R-project.org/package=RMySQL},
##   }

Das bibtex file einbinden I

Das bibtex file einbinden II

---
title: "R Schnittstellen"
author: "Jan-Philipp Kolb"
date: "21 April 2017"
output: 
  pdf_document: default
bibliography: Rschnittstellen.bib
---

Das Ergebnis

HTML Dokumente, Präsentationen und Dashboards mit Rmarkdown

Präsentationen - Rpres der einfachste Weg

Eine erste Präsentation

Erste Daten eintragen

date()
## [1] "Fri May 05 15:22:39 2017"

Eine Folie mit Formel

$$
\begin{equation}\label{eq2}
t_{i}=\sum\limits_{k=1}^{M_{i}}{y_{ik}}=M_{i}\bar{Y}_{i}. 
\end{equation}
$$

Zwei Spalten

Folie mit zwei Spalten
====================================
Erste Spalte
***
Zweite Spalte

Folienübergänge

transition: rotate

Weitere mögliche Folienübergänge

Folientypen

Ein neues Kapitel einfügen
====================================
type: section
Anderer Folientyp
====================================
type: prompt
Noch ein anderer Folientyp
====================================
type: alert

Die Schriftart wechseln

Meine Präsentation
========================================
author: Jan-Philipp Kolb
font-family: 'Impact'

Schrifttypen können auch importiert werden

Meine Präsentation
========================================
author: Jan-Philipp Kolb
font-import: http://fonts.googleapis.com/css?family=Risque
font-family: 'Risque'

Kleineren Text

Normale Schriftgröße

<small>This sentence will appear smaller.</small>

Die Präsentation anschauen

http://rpubs.com/Japhilko82/FirstRpubs

Eine ioslides Präsentation

Eine ioslides Präsentation

ioslides - Der Start

Weitere Dinge tun

![picture of spaghetti](images/spaghetti.jpg)

Ein Logo hinzu

---
title: "ioslides Beispiel"
author: "Jan-Philipp Kolb"
date: "20 April 2017"
output: 
  ioslides_presentation:
    logo: figure/Rlogo.png
---

Tabellen

library(knitr)
a <- data.frame(a=1:10,b=10:1)
kable(table(a))
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
0 0 0 0 0 1 0 0 0 0
0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
1 0 0 0 0 0 0 0 0 0

knitr Engines

Eine slidy Präsentation

slidy Präsentationen

Was sind Cascading Style Files ([CSS](https://en.wikipedia.org/wiki/Cascading_Style_Sheets))?

CSS und R

Beispiel CSS

Das CSS ändern

Um den Präsentationstyp zu ändern kann man das CSS verändern

HTML Dokumente

Ein HTML Dokument erzeugen

Ein Template verwenden

Weitere Vorlagen nutzen

install.packages("rticles")

Das Paket rmdformats

install.packages("rmdformats")
install.packages("ProjectTemplate")

Beispiele für Templates

Dashboards

Beispiel R-Pakete

Paket installieren

install.packages("flexdashboard", type = "source")

Ein Dashboard erstellen mit Rstudio

Gallerie

install.packages("highcharter", type = "source")

Mein erstes Dashboard

Notebooks zur Integration von anderen Programmiersprachen (Python,LaTeX,Julia)

Notebooks

Rnotebooks

Ein Rnotebook anlegen

Rnotebook - erste Schritte

Python Code integrieren

import sys
print(sys.version)
## 3.5.2 (v3.5.2:4def2a2901a5, Jun 25 2016, 22:01:18) [MSC v.1900 32 bit (Intel)]

LaTeX Code integieren

Notebook veröffentlichen I

Notebook veröffentlichen II

Andere Notebooks

Jupyter Notebook

jupyter notebook

Start Jupyter Notebook

Beispiel Eingabe Code

Beaker Notebook

Beaker Notebook

Beaker starten

Aufgabe: Bearbeiten Sie ein Notebook weiter